Amasya Üniversitesinin temeli, 1974 yılında Milli Eğitim Bakanlığınca kurulan Eğitim Enstitüsü ile birlikte atılmıştır. 1975 yılında Milli Eğitim Bakanlığı Amasya Meslek Yüksekokulunu açmıştır.
1982 yılında YÖK'ün kurulmasıyla birlikte, Eğitim Enstitüsü ve Amasya Meslek Yüksekokulu Ondokuz Mayıs Üniversitesine bağlanmıştır. Aynı yıl Ondokuz Mayıs Üniversitesi Eğitim Fakültesine bağlı olarak "Eğitim Yüksekokulu" kurulmuştur.
Amasya Üniversitesi 17.03.2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren, 01.03.2006 tarih ve 5467 Sayılı Kanun'la kurulmuştur.
2013-2014 Akademik Yılı itibariyle üniversitemizde; 6 Fakülte, 1 Yüksekokul, 8 Meslek Yüksekokul, 2 Enstitü bulunmaktadır.
Lisans bölümlerini listelenmektedir.
Eğitim Fakültesi
| Bölüm | Puan Türü | Burs Türü |
| BİLGİSAYAR VE ÖĞRETİM TEKNOLOJİLERİ ÖĞRETMENLİĞİ | MF-1 | Ücretsiz |
| FEN BİLGİSİ ÖĞRETMENLİĞİ | MF-2 | Ücretsiz |
| İLKÖĞRETİM MATEMATİK ÖĞRETMENLİĞİ | MF-1 | Ücretsiz |
| İNGİLİZCE ÖĞRETMENLİĞİ (İNGİLİZCE) | DİL-1 | Ücretsiz |
| OKUL ÖNCESİ ÖĞRETMENLİĞİ | TS-1 | Ücretsiz |
| REHBERLİK VE PSİKOLOJİK DANIŞMANLIK | TM-3 | Ücretsiz |
| SINIF ÖĞRETMENLİĞİ | TM-2 | Ücretsiz |
| SOSYAL BİLGİLER ÖĞRETMENLİĞİ | TS-1 | Ücretsiz |
| TÜRKÇE ÖĞRETMENLİĞİ | TS-2 | Ücretsiz |
Fen-Edebiyat Fakültesi
| Bölüm | Puan Türü | Burs Türü |
| MATEMATİK | MF-1 | Ücretsiz |
| TARİH | TS-2 | Ücretsiz |
| TARİH | TS-2 | İÖ-Ücretli |
| TÜRK DİLİ VE EDEBİYATI | TS-2 | Ücretsiz |
| TÜRK DİLİ VE EDEBİYATI | TS-2 | İÖ-Ücretli |
İlahiyat Fakültesi
| Bölüm | Puan Türü | Burs Türü |
| İLAHİYAT | TS-1 | Ücretsiz |
| İLAHİYAT | TS-1 | İÖ-Ücretli |
Mimarlık Fakültesi
| Bölüm | Puan Türü | Burs Türü |
| KENTSEL TASARIM VE PEYZAJ MİMARLIĞI | MF-4 | Ücretsiz |
| KENTSEL TASARIM VE PEYZAJ MİMARLIĞI | MF-4 | Ücretsiz |
| ŞEHİR VE BÖLGE PLANLAMA | MF-4 | Ücretsiz |
Sağlık Yüksekokulu
| Bölüm | Puan Türü | Burs Türü |
| EBELİK (YÜKSEKOKUL) | YGS-2 | Ücretsiz |
| HEMŞİRELİK (YÜKSEKOKUL) | YGS-2 | Ücretsiz |
Teknoloji Fakültesi
| Bölüm | Puan Türü | Burs Türü |
| ELEKTRİK-ELEKTRONİK MÜHENDİSLİĞİ | MF-4 | Ücretsiz |
| ELEKTRİK-ELEKTRONİK MÜHENDİSLİĞİ | MF-4 | İÖ-Ücretli |
| ELEKTRİK-ELEKTRONİK MÜHENDİSLİĞİ(M.T.O.K.) | MF-4 | Ücretsiz |
| ELEKTRİK-ELEKTRONİK MÜHENDİSLİĞİ(M.T.O.K.) | MF-4 | İÖ-Ücretli |
| MAKİNE MÜHENDİSLİĞİ | MF-4 | İÖ-Ücretli |
| MAKİNE MÜHENDİSLİĞİ | MF-4 | Ücretsiz |
| MAKİNE MÜHENDİSLİĞİ(M.T.O.K.) | MF-4 | Ücretsiz |
Tıp Fakültesi
| Bölüm | Puan Türü | Burs Türü |
| TIP | MF-3 | Ücretsiz |
Ön lisans bölümlerini listelenmektedir.
Amasya Sosyal Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| AŞÇILIK | YGS-4 | Ücretsiz |
Gümüşhacıköy Hasan Duman MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| BANKACILIK VE SİGORTACILIK | YGS-6 | İÖ-Ücretli |
| BANKACILIK VE SİGORTACILIK | YGS-6 | Ücretsiz |
Merzifon MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| BASIN VE YAYINCILIK | YGS-3 | Ücretsiz |
Tasarım MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| BİLGİSAYAR DESTEKLİ TASARIM VE ANİMASYON | YGS-1 | Ücretsiz |
Amasya Sosyal Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| BÜRO YÖNETİMİ VE YÖNETİCİ ASİSTANLIĞI | YGS-4 | Ücretsiz |
| BÜRO YÖNETİMİ VE YÖNETİCİ ASİSTANLIĞI | YGS-4 | İÖ-Ücretli |
Merzifon MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| BÜRO YÖNETİMİ VE YÖNETİCİ ASİSTANLIĞI | YGS-4 | Ücretsiz |
| BÜRO YÖNETİMİ VE YÖNETİCİ ASİSTANLIĞI | YGS-4 | İÖ-Ücretli |
Sabuncuoğlu Şerefeddin Sağlık Hizmetleri MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| ÇOCUK GELİŞİMİ | YGS-4 | UÖ-Ücretli |
| ÇOCUK GELİŞİMİ | YGS-4 | Ücretsiz |
| ÇOCUK GELİŞİMİ | YGS-4 | İÖ-Ücretli |
Amasya Sosyal Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| DIŞ TİCARET | YGS-6 | İÖ-Ücretli |
| DIŞ TİCARET | YGS-6 | Ücretsiz |
Amasya Teknik Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| ELEKTRİK | YGS-1 | UÖ-Ücretli |
| ELEKTRİK | YGS-1 | Ücretsiz |
| ELEKTRİK | YGS-1 | İÖ-Ücretli |
Suluova MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| GIDA KALİTE KONTROLÜ VE ANALİZİ | YGS-2 | Ücretsiz |
| GIDA TEKNOLOJİSİ | YGS-2 | Ücretsiz |
Amasya Teknik Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| GİYİM ÜRETİM TEKNOLOJİSİ | YGS-1 | Ücretsiz |
Tasarım MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| GRAFİK TASARIMI | YGS-5 | Ücretsiz |
| GRAFİK TASARIMI | YGS-5 | İÖ-Ücretli |
Amasya Sosyal Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| HALKLA İLİŞKİLER VE TANITIM | YGS-4 | Ücretsiz |
| HALKLA İLİŞKİLER VE TANITIM | YGS-4 | İÖ-Ücretli |
Amasya Teknik Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| HARİTA VE KADASTRO | YGS-1 | Ücretsiz |
| HARİTA VE KADASTRO | YGS-1 | İÖ-Ücretli |
Sabuncuoğlu Şerefeddin Sağlık Hizmetleri MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| İLK VE ACİL YARDIM | YGS-2 | Ücretsiz |
| İLK VE ACİL YARDIM | YGS-2 | İÖ-Ücretli |
Amasya Teknik Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| İNŞAAT TEKNOLOJİSİ | YGS-1 | Ücretsiz |
Merzifon MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| İNŞAAT TEKNOLOJİSİ | YGS-1 | Ücretsiz |
Amasya Teknik Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| İNŞAAT TEKNOLOJİSİ | YGS-1 | İÖ-Ücretli |
| İNTERNET VE AĞ TEKNOLOJİLERİ | YGS-1 | UÖ-Ücretli |
Merzifon MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| İŞ SAĞLIĞI VE GÜVENLİĞİ | YGS-2 | Ücretsiz |
| İŞ SAĞLIĞI VE GÜVENLİĞİ | YGS-2 | İÖ-Ücretli |
Gümüşhacıköy Hasan Duman MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| İŞLETME YÖNETİMİ | YGS-6 | Ücretsiz |
Amasya Teknik Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| KİMYA TEKNOLOJİSİ | YGS-2 | Ücretsiz |
Suluova MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| LABORANT VE VETERİNER SAĞLIK | YGS-2 | Ücretsiz |
| LABORANT VE VETERİNER SAĞLIK | YGS-2 | İÖ-Ücretli |
Amasya Teknik Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| MAKİNE | YGS-1 | İÖ-Ücretli |
| MAKİNE | YGS-1 | Ücretsiz |
Merzifon MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| MAKİNE | YGS-1 | Ücretsiz |
Gümüşhacıköy Hasan Duman MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| MALİYE | YGS-6 | Ücretsiz |
| MALİYE | YGS-6 | İÖ-Ücretli |
Merzifon MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| MEKATRONİK | YGS-1 | Ücretsiz |
Amasya Teknik Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| MEKATRONİK | YGS-1 | UÖ-Ücretli |
Tasarım MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| MİMARİ RESTORASYON | YGS-5 | Ücretsiz |
Amasya Sosyal Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| MUHASEBE VE VERGİ UYGULAMALARI | YGS-6 | İÖ-Ücretli |
| MUHASEBE VE VERGİ UYGULAMALARI | YGS-6 | Ücretsiz |
Sabuncuoğlu Şerefeddin Sağlık Hizmetleri MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| OPTİSYENLİK | YGS-1 | Ücretsiz |
Taşova Yüksel Akın MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| OTOBÜS KAPTANLIĞI | YGS-5 | Ücretsiz |
Amasya Teknik Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| OTOMOTİV TEKNOLOJİSİ | YGS-1 | Ücretsiz |
Amasya Sosyal Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| PAZARLAMA | YGS-6 | Ücretsiz |
Taşova Yüksel Akın MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| POSTA HİZMETLERİ | YGS-5 | Ücretsiz |
| RAYLI SİSTEMLER İŞLETMECİLİĞİ | YGS-6 | Ücretsiz |
Amasya Sosyal Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| REKLAMCILIK | YGS-4 | Ücretsiz |
| REKLAMCILIK | YGS-4 | İÖ-Ücretli |
Merzifon MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| SİVİL HAVA ULAŞTIRMA İŞLETMECİLİĞİ | YGS-6 | Ücretsiz |
| SİVİL HAVA ULAŞTIRMA İŞLETMECİLİĞİ | YGS-6 | İÖ-Ücretli |
Suluova MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| SİVİL SAVUNMA VE İTFAİYECİLİK | YGS-6 | İÖ-Ücretli |
| SİVİL SAVUNMA VE İTFAİYECİLİK | YGS-6 | Ücretsiz |
Sabuncuoğlu Şerefeddin Sağlık Hizmetleri MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| TIBBİ DOKÜMANTASYON VE SEKRETERLİK | YGS-3 | Ücretsiz |
| TIBBİ DOKÜMANTASYON VE SEKRETERLİK | YGS-3 | İÖ-Ücretli |
| TIBBİ DOKÜMANTASYON VE SEKRETERLİK | YGS-3 | UÖ-Ücretli |
| TIBBİ LABORATUVAR TEKNİKLERİ | YGS-2 | Ücretsiz |
| TIBBİ LABORATUVAR TEKNİKLERİ | YGS-2 | İÖ-Ücretli |
Suluova MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| TIBBİ VE AROMATİK BİTKİLER | YGS-6 | Ücretsiz |
Amasya Sosyal Bilimler MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| TURİZM VE OTEL İŞLETMECİLİĞİ | YGS-6 | Ücretsiz |
Merzifon MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| YAPI DENETİMİ | YGS-1 | Ücretsiz |
| YAPI DENETİMİ | YGS-1 | İÖ-Ücretli |
Sabuncuoğlu Şerefeddin Sağlık Hizmetleri MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| YAŞLI BAKIMI | YGS-2 | İÖ-Ücretli |
| YAŞLI BAKIMI | YGS-2 | Ücretsiz |
Gümüşhacıköy Hasan Duman MYO
| Program | Puan Türü | Burs Türü |
| YEREL YÖNETİMLER | YGS-4 | Ücretsiz |
| YEREL YÖNETİMLER | YGS-4 | İÖ-Ücretli |